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Algumas vezes operadores do Direito confundem a internação para tratamento médico comum com a noção de medida de segurança criada durante o Estado Novo brasileiro (vide o Decreto-Lei 2.840, de 7 de dezembro de 1940, ou Código Penal). A medida de segurança, quando implica tratamento médico obrigatório, em sucedâneo de manicômio judiciário, é reservada apenas a situações derivadas de crimes praticados por doentes mentais inimputáveis processados.
A medida de segurança difere da atividade médica no SUS, este o qual não depende de aval ou de autorização judicial para ser exercida. A alta médica hospitalar não pode ser confundida com alvará de soltura para presidiáriosou medida de segurança, pois ohospital não é uma prisão e o sistema de saúde não é parte do sistema prisional.
