A PET não teve diretrizes terapêuticas e protocolo clínico aprovados pelo SUS , para uso no sistema. Tal exame, portanto, do ponto de vista legal, não está coberto pelo conceito de integralidade previsto na alínea d do inciso I, art. 6o, da Lei 8.080/90, o qual foi claramente definido pela Lei 12.401, de 28 de abril de 2011:
"Art. 19-M. A assistência terapêutica integral a que se refere a alínea d do inciso I do art. 6o consiste em:
I - dispensação de medicamentos e produtos de interesse para a saúde, cuja prescrição esteja em conformidade com as diretrizes terapêuticas definidas em protocolo clínico para a doença ou o agravo à saúde a ser tratado ou, na falta do protocolo, em conformidade com o disposto no art. 19-P."
As entidades científicas, as universidades e as associações de especialidades estão sempre abrindo, no Ministério da Saúde, processos para solicitar o reconhecimento de formas de tratar, através de projetos de protocolos, submetidos ao estudo técnico e à consulta pública.